1、痔瘡，電子肛門鏡是檢查痔瘡的一項重要方法，通過肛門鏡可以看清痔核的位置、大小及形態，以及是否有糜爛、潰破、出血等情況。
2、肛裂，肛裂是否要做電子肛門鏡檢查，可根據具體情況而定，如有必要做，可在局麻下進行，通過肛門鏡檢查，能夠更好的明確肛裂傷口部位以及長度，同時明確是否存在多處肛裂傷口的情況。
3、肛周膿腫，肛周膿腫通常需要進行電子肛門鏡檢查，使用肛門鏡的目的是查看肛周膿腫是否與肛內相通，如果膿腫的腫塊與肛內相通，擠壓腫物時，一般會在對應的肛隱窩處流出黃白色的膿液。而且使用肛門鏡，還會觀察到肛隱窩處黏膜顏色是否發生改變，以幫助明確內口的位置。
4、肛瘺，電子肛門鏡對肛瘺起到協助診斷的作用，通過肛門鏡檢查，可以觀察肛隱窩有無充血、凹陷、流膿，一般來說內口多在發炎的肛隱窩內。
5、直腸脫垂，電子肛門鏡檢查能夠查清直腸及末端是否存在直腸脫出的癥狀，確定患者是否存在直腸粘膜松弛、出血、糜爛、潰瘍等異常癥狀。
6、肛乳頭肥大
7、直腸息肉，電子肛門鏡檢查對于發現直腸下端的息肉也有一定幫助，通過電子肛門鏡檢查，可以明確息肉的部位、大小，以及息肉表面黏膜的情況，是否有糜爛出血等。
8、直腸癌，此外，肛門鏡還可以查出部分低位直腸癌，通過電子肛門鏡可以觀察直腸癌腫瘤的位置、大小、范圍、形態等，也可以通過肛門鏡取直腸癌癌腫局部的組織送病理切片檢查。
